在民答那峨島(邦薩摩洛自治區的所在地)武裝衝突事件屢見不鮮，因此也突顯菲律賓長期以來的叛軍問題。2020年6月3日《反恐怖主義法案》(簡稱反恐法)三讀通過，目的是將過去防範恐怖分子的方法體制化，而政府當局亦認為這個法案通過確實能解決治安的疑慮。

雖然官方聲稱反恐法能夠解決叛軍問題，但卻引發世界人權團體的反彈。原因是反恐法即將取代2007年所訂定的《人類安全法》，而這兩項法案主要差異在於反恐法對於恐佈分子的定義更為廣泛，以及政府將允許軍警未持逮捕令可以合法逮捕嫌疑人。

反恐法以「個人」為單位進行案件偵辦，軍警單位得以蒐集犯罪證據為由，居留嫌疑人至多24天。相較於過去《人類安全法》的拘留3天、偵辦以「組織」為單位，反恐法更是取消了誤抓的賠償——每日50萬披索（約新台幣35萬）。

而反恐法定義恐怖份子為破壞公物或是蓄意傷害他人，此外，也不排除直接逮捕公開示威者。該法案明文規定，人民不得捐款給國家不承認的組織，且要是人民所轉發的文章(包含迷因圖)軍警認為其貼文與恐怖分子有關，都視為是觸法證據。

2020年6月30日聯合國人權理事會第44屆會議，智利總統巴舍萊呼籲杜特蒂拒絕簽屬反恐法，並提出菲律賓未來會因此法案導致恐怖主義、批評主義以及犯罪的界線模糊。同時，通過該法案也會造成人權、人道主義的寒蟬效應，甚至影響社會對於弱勢族群的支持。然而，面對國際上的嚴重譴責，杜特蒂在7月初仍執意簽屬反恐法。

法案簽署後，更加引起國際人權組織撻伐，人權觀察亞洲區副主任羅伯森認為菲律賓反恐法，藉由長期收押，可能會增加嫌疑人被虐待的可能，更牽制了菲律賓人的言論自由；國際特赦組織東亞分部主任林偉表示即使再溫和的政治評論者，也有極大的可能被貼上恐怖分子的標籤。

菲律賓當局則聲明，杜特蒂在簽屬以前，有和法律團隊討論，以示對這個法案的重視，但始終認為恐怖分子影響菲律賓人民生活，通過這項法案來打擊恐怖分子是對菲律賓人民的承諾。菲律賓司法部長格瓦拉在聯合國會議表示，菲律賓對於人權的重視根深柢固，也是杜特蒂總統所關注的議題焦點。

可是格瓦拉當時所述，如今隨著面對反恐法的上路卻產生矛盾。在馬斯洛的需求理論中，言論自由或許建立在安全之上，相反的，現今菲律賓的社會動盪，是所有當政者皆想解決的問題，故促成菲律賓民主的穩定，不被獨裁政權壓垮。

「即便能夠選擇逃離隨時可能遭到惡浪吞噬的海岸，那又如何？事實就是，我們其實永遠都無法忘卻那鹹水的滋味。」這是來自一名菲律賓人的文章所述，就算反恐法能夠抑制部分恐怖事件發生，但菲律賓人似乎依舊陷於其他未受抑制的恐攻以及言論自由受限的泥淖中。

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